Desa Munggut terbentuk dari 4 Dusun yang saling bedekatan yaitu Dusun Munggut, Klampisan, Ngembak dan Sidorejo.Pada  zaman  Pemerintahan  Belanda  berkuasa  di  Indonesia,  di daerah yang sekarang dikenal dengan Desa Munggut tepatnya di Dusun Munggut sekelompok  orang membuka lahan hutan yang digunakan untuk lahan pertanian sebagai upaya untuk mempertahankan hidup. Pemilihan lokasi tersebut dikarenakan keberadaan mata air yang selalu mengalir walaupun pada musim kemarau dan dengan keberadaan mata air tersebut kelompok tersebut dapat mengolah  lahan untuk bercocok tanam  polowijo  dan   padi  demi  memenuhi  kebutuhan  hidup  sehari-hari. Selain mengalir sepanjang tahun, aliran air dari mata air tersebut membentuk sungai – sungai yang mengalir dan terdapat berbagai jenis ikan yang sangat banyak.  Ikan – ikan  tersebut sehari – harinya  berada  di   tepian  sungai sekitar mata air tersebut atau istilah orang dinamakan Mugut  ( menepi ). dari peristiwa itu maka di daerah tersebut lama kelamaan dikenal dengan Dusun Munggut yang dambilkan dari kata Mugut.

Disebelah selatan Dusun Munggut terdapat dataran yang sedikit lebih tinggi yang dipenuhi hutan dengan jenis tumbuhan perdu klampis atau dalam bahasa latin disebut Acacia tomentosa. Karena hutan tersebut didominasi tanaman klampis, tempat tersebut diberi nama Klampisan. seiring perkembangan populasi penduduk tempat tersebut dijadikan pemukiman dan dikenal dengan Dusun Klampisan.

Aliran mata air dari Dusun munggut mengalir air yang melewati bagian barat Dusun Klampisan dan bermuara diselatan Dusun Klampisan dan karena banyaknya air daerah tersebut maka tanah di sekitaran menjadi lembek atau sering disebut “membat”. Pada awalnya daerah tersebut tidak dapat ditempati karena tanahnya terlalu lembek dan bergoyang jika di pinjak orang, namun seiring berkurangnya aliran mata air dari dusun munggut akhirnya daerah tersebut saat ini sudah tidak membat lagi dan dapat dihuni masyarakat. dengan kejadian tersebut orang sekitar menamakan daerah tersebut dengan sebutan “membat” atau sekarang lebih dikenal dengan sebutan dusun Ngembak.

Lain halnya dengan asal – usul 3 dusun yang membentuk Desa Munggut, warga masyarakat Dusun Sidorejo awalnya menempati daerah dataran sedang yang berada tak jauh di timur Dusun Klampisan, daerah tersebut saat ini dikenal dengan sebutan “alas malang”. Pemilihan lokasi tersebut karena letak yang lebih tinggi dan terbebas dari bahaya banjir, namun ternyata di daerah tersebut sering terkena bencana angin puting beliung sehingga rumah – rumah yang dibangun acapkali porak poranda dilanda angin tersebut. Masyarakat yang menghuni daerah tersebut  akhirnya berpindah tempat ke arah timur  menjauh dari dusun klampisan di daerah yang masih sepi atau belum berpenduduk. Dengan harapan agar diberi keselamatan dari berbagai macam bencana serta diberikan kehidupan yang lebih maju dan makmur oleh sesepuh daerah tersebut diberi nama ” Sidorejo”.

Seiring dengan pembentukan Desa – Desa di jaman kolonial belanda ke empat dukuh/dusun tersebut bergabung menjadi satu kesatuan desa yang dikenal dengan nam Desa Munggut.

Sampai saat ini di Desa munggut sudah mengalami beberapa kali pergantian kepala desa. Para pejabat Kepala Desa Munggut yang di ingat oleh sesepuh yang masih hidup sampai dengan saat ini adalah sebagai berikut :

1. Djojo Sumantri (  – )
2. Pangsiun  ( – )
3. Sarip  ( – )
4. Kasmin ( 1955 – 1989 )
5. Harjono ( 1990 – 2006 )
6. Titis purnomo ( 2007 – Sekarang)